โรงเรียนบ้านห้วยต้มชัยยะวงศาอุปถัมภ์  เดิมมีชื่อว่า โรงเรียนบ้านห้วยต้ม ก่อตั้งเมื่อ  ปีพ.ศ.2521 โดยพระครูพิพัฒนกิจจานุรักษ์ (ครูบาชัยวงศา) ร่วมกับประชาชนในหมู่บ้านชาวเขาเผ่ากะเหรี่ยง ได้จัดหาที่ดินก่อสร้างโรงเรียนบ้านห้วยต้ม  มีพื้นที่  97 ไร่  33 ตารางวา  สังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดลำพูน  เปิดทำการสอนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-4

                   ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.2524  ทางราชการได้โอนย้ายโรงเรียนบ้านห้วยต้ม  ให้สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  ให้บริการทางด้านจัดการศึกษาแก่ผู้เรียน ซึ่งเป็นชาวเขาเผ่ากะเหรี่ยงทั้งหมด

                  ปัจจุบันโรงเรียนบ้านห้วยต้มชัยยะวงศาอุปถัมภ์  ตั้งอยู่เลขที่ 9 หมู่ 9 ตำบลนาทราย อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาลำพูน เขต 2 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ  เปิดทำการสอนอยู่ 3 ระดับ คือระดับปฐมวัย (อนุบาล 2-3)  ระดับประถมศึกษา และระดับมัธยมศึกษาตอนต้น มีทำเนียบผู้บริหารทั้งหมด  ดังนี้

          พ.ศ. 2538  ปรับปรุงตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียน  เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน ระดับ 8

          พ.ศ. 2543  ย้ายสับเปลี่ยน  นายสมคิด  ปัญญาแก้ว  ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านทาป่าสัก  สปอ.แม่ทา  มารักษาการในตำแหน่ง

          พ.ศ. 2544  สปจ.ลำพูน  สั่งให้นางสาวศิริราวรรณ์  นิลวรรณ์  ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบวก  มารักษาการในตำแหน่ง

          พ.ศ. 2545  นางสาวศิริราวรรณ์  นิลวรรณ์  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยต้ม (ชัยยะวงษาอุปถัมภ์)

          พ.ศ. 2549  นายชัยวัฒน์  ใจภักดี  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยต้ม   (ชัยยะวงษาอุปถัมภ์)

          พ.ศ. 2552  ได้เปิดห้องเรียนเคลื่อนที่ ของโรงเรียนทุ่งหัวช้างพิทยาคม (ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4)  รับนักเรียนที่จบชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 เข้าเรียนต่อที่โรงเรียนบ้านห้วยต้ม

          พ.ศ.2552  นายวรเชษฐ์  ค่วยเทศ  ได้เข้าดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยต้ม  และได้มีการขุดเจาะบาดาลขององค์การบริหารส่วนจังหวัดลำพูนและกรมทรัพยากรน้ำ

          พ.ศ.2553 เปลี่ยนชื่อสถานศึกษา จาก โรงเรียนบ้านห้วยต้ม  เป็น โรงเรียนบ้านห้วยต้มชัยยะวงศาอุปถัมภ์

          ได้รับงบประมาณตามแผนปฏิบัติการไทยเข้มแข็ง 2555 (SP2) ก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.105/29  จำนวน 4 ห้องเรียน, ส้วม 4 ที่นั่ง  แบบ สพฐ. พร้อมทั้งได้มีการพัฒนาโรงเรียน  ต่อเติมอาคารเรียนชั้นล่างของอนุบาล 2 ห้อง, สร้างห้องครัว, ห้องสหกรณ์โรงเรียน  โรงจอดรถ  ถนนหน้าอาคารเฉลิมพระเกียรติ  พัฒนาและปรับปรุงซ่อมแซมอาคารต่างๆ ที่ชำรุด

          พ.ศ. 2555 ได้ทำสัญญาร่วมกับวิทยาลัยการอาชีพบ้านโฮ่ง (MOU) เพื่อเปิดห้องเรียนเคลื่อนที่วิทยาลัยการอาชีพบ้านโฮ่ง สาขาโรงเรียนบ้านห้วยต้มชัยยะวงศาอุปถัมภ์   เปิดทำการสอนระดับ ปวช. ให้กับนักเรียนที่มีความสนใจศึกษาต่อในสายอาชีวะ

          พ.ศ. 2559  นายประทีป  ประทีปยุวพัฒน์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยต้ม    ชัยยะวงศาอุปถัมภ์

ปีงบประมาณ 2560 สร้างอาคาร สพฐ.4 (ส้วม 4 ที่นั่ง) และส้วมนักเรียนหญิง 4 ที่/49 ปีงบประมาณ 2562 ลานกีฬาอเนกประสงค์ (แบบกรมพลศึกษา) , โรงอาหาร-หอประชุม แบบ 101ล./27 (พิเศษ) ปรับปรุงชั้นบนเป็นโรงพลศึกษา ,บ้านพักครู 8 ครอบครัว (แบบแฟลต 8 หน่วย) ปีงบประมาณ 2563 อาคารเรียน 216ล./57-ข สำหรับก่อสร้างในเขตแผ่นดินไหว และปีงบประมาณ 2564 สนามฟุตบอล ฟ3 พิเศษ

            พ.ศ. 2564 ดร.ธราธร  ตันวิพงษ์ตระกูล ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยต้มชัยยะวงศาอุปถัมภ์

          ปัจจุบัน โรงเรียนบ้านห้วยต้มชัยยะวงศาอุปถัมภ์ เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล 2 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3  มีจำนวนบุคลากรครูและบุคลากรทางการศึกษาทั้งหมด 96 คน  และมีจำนวนนักเรียนทั้งสิ้น  1,816 คน (ข้อมูล ณ วันที่ 11 พฤศจิกายน  2566)